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对于高考刚结束和还未参加高考的学生大致有三种申请方式。分别为SM2方式，SM2.5方式，SM3方式。
SM2的招生考试也与SM1类似，分为笔试和面试。其中笔试包括英文，数学，物理及IQ。全部考试在一天内完成。与SM1不同的是，SM2招生的笔试通常在面试前两个月进行，而且根据笔试成绩会在面试前刷掉一部分考生。（考试内容请参见SM2的申请全过程）。
从2012年开始，被录取的SM2学生都将在当年的7月左右入读新加坡，来年8月即可进入大学学习，预科中被选入NTU和NUS的学生进行的是英语和理科还有部分的计算机学习，被选入SUTD的学生还要学习设计，最后按照预科中的考试成绩选择大学里所学专业。其中SM2的奖学金得主将到当地的初级学院体验生活（从2007年开始SM2的学生在初级学院体验生活的时间缩短为两周了，2011年起缩为1周）。NTU和NUS的预科理念不太一样，NTU学期比较短，整个学期都会很忙，但也会越来越轻松；NUS学期则比较长，一开始比较闲，可以抓住机会，学一些感兴趣的东西自我增值，但会越来越忙。另外MOE也会鼓励scholar预科时课外参加一些CC（社区）举办的课程（例如：舞蹈，羽毛球，乐器...），这些课程一般在周末上课，如果费用不超过100新币，且CC的地点和课程内容合理（即不会对学习造成很大影响），MOE会负担一半的费用。其实这些课程大多都挺便宜的，还可以多认识些local Singaporeans，很多新加坡人都很友善的。
SM2学生的生活费为每年6000新币，同样不包括学费、住宿费及伙食费。SM2学生在大学毕业后要为新加坡服务六年，即在新加坡的注册公司工作，工作地点不一定是新加坡。有很多SM2学生想毕业后出国读研或读博，但无奈有合约限制。合约期满前解除合约，学生家里需对奖学金提供方进行赔偿，最高为60w人民币左右，赔偿数额随合约还剩下的时限递减。
SM2.5方式是针对参加完中国大陆高考的学生来说的。高考分数线达到第一批录取分数线以上，具体分数要求可以参照北京大学，清华大学的录取分数。这只是考核的第一步，后面仍然要参加本校的面试和英语能力测试，这些都是让学生提前适应新加坡南洋理工大学激烈的竞争。同样，4年的生活费和学费由新加坡政府统一提供。SM3（senior middle 3）是1990年中新建交时新加坡与中国教育部达成的留学合作项目，新加坡教育部代表两所知名大学新加坡国立大学(National University of Singapore)和南洋理工大学(Nanyang Technological University)每年与国内十余所大学签约并从新生中选拔优秀学生并提供全额奖学金及生活补助，至2011年终止，不再续签协议，总共举行了20届。
